Al principio cuándo tuve conocimiento de la tabla ARP y no sabía muy bien como vaciarla apagaba la interfaz de red y la volvía a levantar pero ésto no es práctico porque me quedaba sin conexión durante todo ese tiempo.

En caso de que dispongas del paquete iproute2 puedes usar el siguiente comando para vaciar la tabla ARP.

[root@equipo ~]# ip neigh flush all

No obstante este comando a mí esta no siempre me funciona y debo usar la instrucción arp -d para eliminar una a una las entradas de la tabla.

Como borrar todas las entradas de la tabla a mano lleva demasiado tiempo se puede utilizar el siguiente script que lee una a una las entradas de la caché arp y las va borrando.

#!/bin/bash

for ADDR in `arp -na |cut -d '(' -f 2 |cut -d ')' -f 1` ; do
  arp -d $ADDR
  if $? ; then
    echo -e "\e[0;31mError:\e[0;00m No se pudo eliminar $ADDR de la tabla ARP"
  else
    echo "\e[0;32m[!]\0;00m Eliminada entrada con IP $ADDR de la tala ARP"
  fi
done