Hace un par de días necesitaba ejecutar unas cuantas aplicaciones en entorno gráfico con privilegios y decidí iniciar sesión directamente como root. Recibí el mensaje de "Error de autenticación", pensé que puse mal la contraseña pero después de varios intentos obteniendo el mismo resultado me dí cuenta de que en Fedora no se puede iniciar sesión como root.

Para modificar este comportamiento del gdm hay que modificar un fichero de configuración. El archivo se encuentra en /etc/pan.d/gdm-password. Para modificarlo podemos usar nano, vi o incluso gedit con permisos de root.

[root@equipo ~]# nano /etc/pan.d/gdm-passwordauth
[success=done ignore=ignore default=bad] pam_selinux_permit.so
auth substack password-auth
# auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
auth optional pam_gnome_keyring.so
auth include postloginaccount required pam_nologin.so
account include password-authpassword include password-authsession required pam_selinux.so close
session required pam_loginuid.so
session optional pam_console.so
-session optional pam_ck_connector.so
session required pam_selinux.so open
session optional pam_keyinit.so force revoke
session required pam_namespace.so
session include password-auth
session optional pam_gnome_keyring.so auto_start
session include postlogin

En rojo he marcado la linea que se debe comentar poniendo un # al principio de la linea. Una vez comentada la linea guardamos el archivo y ya podemos iniciar sesión gráfica como root.

Existe la posibilidad de que aún así no se pueda iniciar sesión. Si ese es tu caso debes comentar esa misma linea en el archivo /etc/gdm.